Çanakkale Müstahkem Mevkii birinci sınıf müstahkem mevkii olmasının yanı sıra, buranın komutanı "kolordu komutanı" yetkisindedir. Müstahkem Mevkii Komutanlığı Karargahı 25 Şubat 1915 öğleden sonraya kadar Çimenlik Kalesi'ndedir. Bu tarihten sonra Anadolu Hamidiyesinin yaklaşık 3 km güney doğusunda Hacı Paşa Çiftliğinde Konuşlanmıştır.

Bu komutanlık; 2 piyade tümeni, 2. Ağır Topçu Tugayı ( 3., 4. ve 5. Ağır Topçu Alayları ) ile Kale İstihkam Bölüğü, İstihkam İnşaat Bölüğü, Telefon ( Muhabere ) Bölüğü, Mayın Müfrezesi, Işıldak Müfrezesi (8 ışıldak), Müstahkem Mevkii Cephane Depo Müfrezesi, Bolayır Cephane Depo Müfrezesi ve Deniz Taşıtları'ndan ( 3 motorbot ile 3 küçük tekne ) oluşmaktaydı.

Komutanlık mevzilerinde çeşitli çap ve sınıftan (top, obüs, havan), çoğu eski ve menzil olarak yetersiz 230 top bulunmaktadır. Seferberlik ilanınnın hemen ardından (3 Ağustos 1914) görev yapamayacak kadar eski savaş gemilerinden sökülen toplarla yeni bataryalar oluşturulmuş ve bu bataryalara Mesudiye, Ertuğrul gibi söküldükleri gemilerin adları verilmiştir. Topların ancak 82 adeti, gemi toplarıyla çarpışmaya girebilecek niteliğe sahipti. Yine gemilerden sökülmüş torpil bataryaları da sahil kesimlerine yerleştirip gizlenmişti.

Osmanlı İmparatorluğu tarafından duraklama ve gerileme dönemlerinde inşa ettirilen Kumkale, Çimenlik, Kilitbahir ve Seddülbahir kalelerinin tümüne I. Dünya Savaşı başlangıcında "Çanakkale Müstahkem Mevkii" adı verilmiştir.

Cumhuriyet'ten sonra müstahkem mevkiin korunması Çanakkale'de bulunan 1. Kolordu'ya verilmiştir. Gelibolu'da bulunan 2. Kolordu ise Gelibolu Yarımadası'nı kara saldırılarına karşı koruyordu. 1. Kolordu 1947 yılında, Müstahkem Mevkii Komutanlığı ise 1949 yılında lağvedilmiştir. O tarihten beri mevkiyi Deniz Kuvvetleri Komutanlığı nezdinde kurulan Çanakkale Boğaz Komutanlığı korumaktadır.