Osmanlı Devleti, bu ticaret yollarının kendi topraklarından geçtiği dönemlerde sağladığı kazancı yitirdi. Öte yandan Avrupa devletlerinin güçlenmesi karşısında fetihlerin durmasıyla ganimet gelirleri de ortadan kalktı. Devlet, gereksinim duyduğu geliri sağlayabilmek için vergileri artırdı. Osmanlı Yönetiminin Babadan-Oğula geçmemesinde titizlikle durduğu tımar sistemi saltanat haline geldi. Oluşan bu yarı-feodal durum, vergileri ödeyemeyen köylülerin topraklarını terk etmesine, kasaba ve kentlere iş için göç etmesine yol açtı. Geçim yolu bulamayanlar ise eşkıyalığa başladılar ya da eşkıyaya katıldılar. Bütün bunların sonucunda Osmanlı toplumsal ve ekonomik düzenin alt üst oldu. İşsizlik ve geçim sıkıntısı, medrese öğrencisinden askerine kadar toplumun bütün kesimlerine yansıdı. Ayrıca Anadolu'da yaşayan Alevi halk Osmanlı Devleti'nin teokratik yapıda olmasına karşı çıkıyordu. Bu yüzden sık sık Osmanlı ile ters düşüyorlardı.

Anadolu'da ilk büyük Celali Hareketleri, medrese öğrencilerinin (suhte ya da softa) hareketi olarak ortaya çıktı. Medrese öğrencileri ve medrese bitirip iş bulamayanlar Yozgat, Amasya, Adıyaman, Sivas ve Malatya yörelerinde büyük ayaklanmalar başlattılar. Bu ayaklanmalar tarihe Suhte ayaklanmaları olarak geçti. Daha sonra, Osmanlı askeri sınıfından levent ve sekbanlar da ayaklandılar. Bu arada Osmanlı Devleti'nin yerel yöneticileri, güç kullanarak halktan vergi toplamaya başladılar. Yerel yöneticilerin zulmü merkezi hükümet tarafından önü alınamaz duruma gelince, III. Murat (1574-1595), III. Mehmet (1595-1603) ve I. Ahmet (1603-1617) soygunlara, yöneticilere ve memurlara karşı köylülerin silahla mücadele etmesini isteyen fermanlar çıkardılar. Bu dönemin önemli ismi Şeyhülislam Mustafa Sunullah Efendi olmuş ve devşirme sadrazamlara karşı verdiği fetvalar ile Anadolu'daki Türk varlığının yaşamasını sağlamıştır.

Anadolu'da meydana gelen Celali isyanlarına ....