1071 yılında yapılan Malazgirt Savaşı'ndan beri Anadolu'ya yerleşmekte olan Selçuklu Devleti, 1081 yılında Ege'ye ve Marmara'ya ulaşmıştı.Bizanslılardan ve İtalyanlardan öğrenilen tekniklerle ilk donanma çalışmalarına başlandı.Çaka Bey, İstanbul'da esir olduğu süreçte bu teknikleri öğrendi, III. Nikeforos'un ölümü üzerine tahta çıkan yeni Bizans imparatoru I. Aleksios Komnenos, Çaka Bey'i serbest bıraktı ya da Çaka Bey kaçtı.Bunun üzerine İzmir'de Çaka Beyliği kuruldu. Burada bilinen ilk Türk donanması kuruldu, 1089'da Midilli ve 1090'da Sakız ele geçirildi.İznik'te Ebülkasım, yeni bir donanma inşasına başladıysa da Bizans'ın müdahalesi ile gemiler yakıldı. Anadolu Selçuklu Devleti döneminde ticaret güvenliğini sağlamak için denizciliğe ağırlık verildi, 1207 yılında liman kenti olan Antalya ele geçirildi. Sinop'ta tersane kuruldu. I. İzzeddin Keykavus, 1214'te Kıbrıs Krallığı ve 1216'da Venedik ile ticaret anlaşması imzaladı. Mısır ile deniz ticareti vardı, bu döneme denk gelen Haçlı Seferleri Selçuklu ticaretini olumsuz etkiliyordu.Antalya kaybedilince Selçuklular 1216'da şehri geri aldı. 1220'de tahta çıkan I. Alaeddin Keykubad, o dönemde Kalonoros olarak bilinen Alanya'yı fethetti ve Alaiye adını verdi. Alanya'da tersane kuruldu, bu tersane ilk organize tersane olarak görülmektedir. 1225 yılına kadar Alanya ile Silifke arasındaki birçok kıyı kalesi ele geçirildi. Ayrıca Keykubad, 1224 yılında Hüsameddin Çoban komutasında bir Karadeniz donanması hazırlattı ve sefere çıkıldı, Kırım'ın Sudak kenti ele geçirildi.Sudak'taki Selçuklu hakimiyetinin ne kadar sürdüğü bilinmemekle beraber, 1239'da Moğol istilaları'na kadar Selçuklu hakimiyetinde kaldığı tahmin ediliyor.Keykubad'ın ölümünden sonra tahta çıkan II. Gıyaseddin Keyhüsrev döneminde Moğol istilaları başladı ve Kösedağ Muharebesi ile devlet zayıfladı, aralarında Sinop'un da bulunduğu birçok Karadeniz bölgesi Trabzon İmparatorluğu tarafından ele geçirildi, ancak 1266'da Sinop geri alındı.Kösedağ Muharebesi'nden itibaren Anadolu Selçuklu Devleti, Moğollara bağlı hale geldi.

Özellikle Batı Anadolu'da birçok uç beyliği kuruldu, bu beyliklerden bazıları denizcilikle ilgilendi.Denizci beyliklerden bazıları Karesioğulları, Aydınoğulları, Menteşeoğulları ve Saruhanoğulları idi.Bu beyliklere ait deniz kuvvetleri, Ege'de akınlar yaptı. Karesioğulları Beyliği, kurduğu tersanede gemiler inşa etmekte idi. Aydınoğlu Gazi Umur Bey, Ege Denizi'nde birçok başarı elde etti ve Çanakkale Boğazı ile Rodos arasında kesin bir hakimiyet kurdu. XIV. Yüzyılda Osmanlı Beyliği genişlemeye başladı, zamanla bu beylikler hakimiyet altına alındı ve Osmanlı donanmasının temelleri atıldı.