Duraklama döneminden itibaren Osmanlı donanmasına verilen önem azaldı. Bu dönemde Osmanlı Devleti'nin kara ve deniz gücü zayıflamaya başladı. Sokollu Mehmet Paşa'nın çabalarına rağmen Don-Volga Kanal Projesi başarısız oldu, bu da Osmanlı donanmasının Rusya içlerine kadar müdahale edebilmesini engelledi.Kaptan-ı Derya Kılıç Ali Paşa'nın 1587'deki ölümüne kadar Akdeniz'deki Osmanlı kontrolü güçlükle de olsa devam edebildi.Bu arada dünya deniz ticareti okyanuslarda ağırlık kazandı ve Osmanlı bütçesi açık verdi. Rus Çarlığı, Hazar Gölü'ne kadar gelmişti ve bu sebeple orada da Osmanlı donanması kuruldu.Osmanlı donanması ağırlıklı olarak kadırgalardan oluşuyordu, ancak yüz yıldan uzun zaman sonra Mezomorto Hüseyin Paşa döneminde kalyonlara gereken önem verilebildi. 1580 yılında İspanyol İmparatorluğu'nun Portekiz'i işgal etmesi üzerine Hint Okyanusu'nda seferler yapıldı, 1585 yılında Emir Ali Bey komutasındaki Osmanlı donanması Mombasa'ya kadar ilerledi.1589'da Osmanlılar tekrar sefere çıktı, fakat Kenya'daki bazı kabilelerin Portekiz'i desteklemesi ve Portekiz donanmasının geri dönmesi üzerine başarısız olundu.

1593-1606 Osmanlı-Avusturya Savaşı'nda Osmanlı donanmasının faaliyetleri hakkında kaynak bulunamamaktadır, ancak Osmanlı ordusunun Tuna Nehri'ni geçerken ince donanmadan yararlandığı biliniyor. 1609 yılında donanma Akdeniz'e açıldı, Malta - Floransa birleşik donanmasının Mısır'ın deniz yolunu abluka altına alması üzerine Kıbrıs'a yönelen Osmanlı donanması, burada Malta - Floransa donanmasını takibe aldı ve muharebe başladı, birleşik donanmada Türklerin Kara Cehennem dediği büyük bir kalyon da bulunuyordu. Muharebede Kara Cehennem ve birkaç kalyon kontrol altına alındı, yaklaşık 160 adet top ve 2000 kadar tüfek ele geçirilmiş, 500 denizci de esir edilmişti. Kabe'nin onarılması için İstanbul'dan gönderilen malzemeler deniz yoluyla Mısır'a gitmekte idi, bu gemiler Osmanlı donanması tarafından korundu.1613 yılında Osmanlı donanması, İspanyol donanmasına karşı yenildi ve yedi kadırga kaybedildi, Floransa donanması Silifke'yi vurdu. 6 Temmuz 1614 tarihinde Osmanlı donanması, Malta önlerine geldi ve çıkarma yapıldı. Osmanlı askerleri, üzerlerine gelen süvari ve piyade kuvvetlerini yendi, Malta başarıyla yağmalandı ve ganimetler yüklenerek geri dönüldü.Aynı yıl, Kazaklar, Karadeniz'de bir Osmanlı liman kenti olan Sinop'a baskın yaptı ve şehir yağmalandı, baskın yapan Kazakların çoğu dönüş yolunda yakalandı ve öldürüldü.Osmanlı Devleti'ne karşı yapılan bu savaşlara Venedik katılmamıştı, bundan dolayı Venedik ile ilişkiler olumlu gelişme gösterdi ve 1614'te bir ticaret antlaşması imzalandı.1616 yılında, Karadeniz'de dolaşan Kazak gemileri üzerine sefer yapıldı ama sonuç alınamadı. I. Ahmet döneminde Akdeniz'deki Osmanlı deniz ticareti korunmaya çalışıldı, Fransa ve Venedik ile ticari ilişkiler gelişti ve Kuzey Afrika'daki Osmanlı otoritesi güçlendirildi IV. Murat devrinde, Bağdat Seferi'ne çıkılınca Venedik ....