Zamana ve zemine çok çabuk adapte olup faaliyete geçebilen bu örgüt mensuplari Istanbul'da Milli Kongre olarak bilinen cemiyeti de olusturdular. Tarihçi Dr. Haluk Dursun "Mütareke Devri Istanbul'unda Milli Kongre çatisi altinda birlesen ve milli direnisi destekleyen eski Teskilat-i Mahsusaci; bilim, fikir adamlari, sanatçilar, doktorlar, gazeteciler yani imparatorluk entelektüelleri özellikle yabanci dilde gazete, kitap çikararak milli tezleri dünya kamuoyunda savunmuslardir. Ayrica o sartlarda Cenevre, Paris, Budapeste, Londra gibi merkezlerde kitap, gazete yayinlamak imparatorluk kadrosunun vizyon ve misyon bakimindan seviyesini gösterir" diyor.

1918'de resmen sona eren Teskilat-i Mahsusa faaliyetleri devam eder. Kara Kemal, Kara Vasif, Baha Said öncülügünde Karakol Cemiyeti kurulmus ve Milli Mücadele'nin temeli atilmisti. Bunlar hem Anadolu'ya silah ve asker geçirilmesini saglamislar hem de Mustafa Kemal'in faaliyet ve kongresinde bunlar olusturdu. Adeta Enver Pasa'nin kurup harekete geçirdigi Teskilat-i Mahsusa'dan asil Mustafa Kemal ürün aldi. Yrd. Doç. Dr. Süleyman Beyoglu, Milli Mücadele'yi Teskilat-i Mahsusa'nin teskilatlandirdigini bütün gizli örgütlerin bu teskilatta çalisarak tecrübe kazanmis kisilerce kuruldugunu belirterek "însan ve silah kaçirmaktan propaganda ve casusluk hizmetlerine kadar ciddi hizmetler yaptilar. Mustafa Kemal bu örgütlerin farkindaydi" diyor. Mustafa Kemal bir süre beraber çalismayi uygun gördügü bu etkin gizli teskilatlarla daha sonra hesaplasma yoluna gitti. Bu çatisma tarihçilere göre kaçinilmazdi.

Philip H. Stoddard'in Esref Kusçubasi'ndan aldigi teskilat listesinde de görüldügü gibi Türkiye Cumhuriyeti'nin kurucusu Mustafa Kemal'in de teskalatla iliskisi olmustu. Mustafa Kemal teskilatla iliskisi Trablusgarp Savasi'nda mahalli milisleri örgütlemekle baslamisti. Mustafa Kemal daha sonra Enver Pasa ile olan ihtilafi nedeniyle teskilata biraz mesafeli durmayi tercih ediyor. Orhan Kologlu'nun belirttigine göre de Enver Pasa Trablusgarp'ta Bedevi Araplar'la bir Islam imparatorlugu kurabilecegini raporlarina yazarken Mustafa Kemal dönemin genelkurmayina bedevilerle hiç bir is yapilamayacagina dair bir rapor gönderiyordu. O dönemde teskilat henüz kurulmamasina ragmen fiili olarak görev yapiyordu.

Gerek Istiklal Savasi'nda gerekse cumhuriyet sonrasinda önemli roller oynayan Rauf Orbay, îstiklal Mahkemeleri'ne baskanlik eden Ali Çetinkaya, Cumhuriyet döneminin önemli isimlerinden Ali Fethi Okyar, T.C'ye bakanlik ve basbakanlik yapan Dr. Refik Saydam, Atatürk'ün yaveri piyade subayi Rasuhi, THK Baskanligi yapan Fuat Bulca, îstiklal Marsi'nin yazari ve Kurtulus Savasi'nin manevi dinamiklerinden Mehmet Akif Ersoy da teskilatta çalismisti.