1677'de Seydizade Mehmet Paşa yerine Kaptan-ı Derya olarak 1678'e kadar bu görevde bulundu.

Yanında yetiştiği Sadrazam Merzifonlu Kara Mustafa Paşa serdar-ı ekrem olarak 1683'de Avusturya seferine çıktığı zaman yine İstanbul'da sedaret kaymakamlığı görevi yaptı. "Viyana Bozgunu" sonunda Kara Mustafa Paşa Belgrad'a çekildiği zaman, Bayburtlu Kara Mehmet Paşa velinimeti yerinde olan yenik sadrazam Kara Mustafa Paşa aleyhine döndü. Kara Mustafa Paşa'nın baş düşmanları olan kızlar ağası "Yusuf Ağa" ve o zaman büyük imrahor olan Sarı Süleyman Ağa sedaret kaymakamı olan Kara İbrahim Paşa'yı velinimeti aleyhinde tahrik ettiler. Kara İbrahim Paşa'nında bu gruba katılması ile sultan Avcı Mehmet'ten sadrazamın azledilmesi ve katledilmesi için bir hatt-ı humayun aldılar. Böylece Kara İbrahim Paşa'in ihaneti ile Merzifonlu Kara Mustafa Paşa 25 Aralık 1683'de Belgrad'da azil edilip idam edildi.

Kara İbrahim Paşa daha Belgrad'da Kara Mustafa ....