Yildirim Bâyezid, Anadolu'daki seferlerle mesgul oldugu sirada Bizanslilar, bu durumdan istifade ile bazi tedbirler almaya basladilar. Bu meyanda Bizans Imparatoru loannis, ayagindaki agrilara ve yatalak bir halde bulunmasina ragmen, Istanbul surlari ile kulelerinin bazi yerlerini tamir ettirmeye basladi. Bu durumdan haberdar olan Yildirim Bâyezid, bu harekete çok sert bir tepki göstererek tamir ettirilen yerlerin derhal yiktinlmasini ister. Imparator, Yildirim'in yaninda bulunan ve tahtin yegane varisi olan Manuel'i düsünerek tamir edip yaptirdigi yerleri tekrar yiktirir. Ancak Imparator, surlarin yiktirilmasindan kisa bir müddet sonra ölünce, Osmanlilarla birlikte Anadolu seferlerine istirak eden ve Bursa'da bulunan Manuel, bir yolunu bularak Bursa'dan kaçip Istanbul'a gelir ve babasinin yerine tahta oturur.

Âdet oldugu üzere, babasinin matem günlerini geçirdikten sonra Bâyezid'in kendisine ve sehre karsi takindigi tavri düsünmeye baslar. Bâyezid, yeni imparatordan (II. Manuel) vergi artirimi, Istanbul'da bir Müslüman mahallesinin kurulmasi ve bir cami insasi ile bir kadi tayin etmesini ister. Bizans tarihçisi Dukas bu konuyu su ifadelerle dile getirir:



"Bâyezid, Imparator Manuel'e elçiler göndererek, Istanbul içerisinde Türklerin "kadi" tabir ettikleri bir hâkimin devamli olarak bulunmasini arzu ettigini bildirdi. Bu kadi, Istanbul'da ticaretle istigal eden veya o maksatla oraya gidecek olan Müslümanlar arasinda meydana çikacak olan muamelat ve ihtilaflari muhakeme ve hallu fasl edecekti. Bâyezid, Müslümanlarin gâvur mahkemesinde muhakeme olunmalarinin caiz olmadigini, müslümani, kendi hâkiminin muhakeme etmesi icab ettigini, iftiralar ve haksizliklari, daha bir çok seylerle beraber bildirmis, nihayet sunu da ilave etmisti: "Sana emr ettiklerimi yapmak ve taleplerimi yerine getirmek istemezsen, kapilari kapa ve sehrin içinde hükümdarligini yap. Hariçte bulunan her yer ve her sey kâmilen benim olacaktir." Yildirim'in bu talebi redd edilince, Istanbul'u teslim almak için uzaktan muhasaraya basladi. 1391 senesinde baslayan bu tazyik sonucunda Bâyezid, Istanbul surlarina kadar olan bütün Bizans köylerini muhasaraya basladi. Bu kusatma sonunda Manuel, Istanbul'da birkaç yüz ev ile cami ve mahkemesi olan bir Müslüman mahallesinin kurulmasini ve Haliç'in kuzey tarafinda bir Türk garnizonunun bulunmasini kabul etti. Ayrica her sene Osmanlilara vermekte oldugu vergiyi de artirdi.