Dini öğrenim gördü ve el-Kasr'daki Senusi tarikatının lideri oldu. İtalyanların 1911'de Libya'ya çıkarma yapması üzerine Osmanlı subayları ve Senusi şeyhi Ahmed eş-Şerif es-Senusi önderliğinde başlayan direniş hareketine gönüllü olarak katıldı. Uşi Antlaşması'yla Osmanlı Devleti'nin Libya üzerindeki hakimiyeti resmen sona erdi. İtalyan yönetiminin Trablusgarp'taki milliyetçi kuvvetler ve Berka'daki Senusilerle yaptığı uzlaşma görüşmeleri sonuçsuz kaldı. Ömer Muhtar 1922'de İtalya'da iktidara gelen Faşistlerin Libya'yı sömürgeleştirme politikasına karşı 1923'te Berka'da yeni bir direniş hareketi başlattı. Cebelü'l-Ahdar'da yaşayan aşiretlerden topladığı gerilla güçleriyle başarılı baskınlar gerçekleştirerek İtalyan kuvvetlerine ağır kayıplar verdirdi. Mısır ve Sudan'dan gelen yardımların kesilmesine karşın, Bedevi köylülerin yardımıyla direnişini 1931'e değin sürdürdü. 11 Eylül 1931'de bir çarpışmada yaralanarak İtalyanlara esir düştü. General Rodolfo Graziani'nin başkanlığında bir savaş mahkemesince ölüme mahkûm edildi ve Saluk'ta asıldı.