Yerleşim yerlerinin göle dönmemesi için DSİ'nin yaptırdığı setler dışında kalan 500 yıllık külliye, yağmur suyundan bir türlü kurtarılamıyordu. Tarihî yapı, nehir seviyesinde olduğundan yüksek kotta bulunan yerlere düşen yağmurların tamamı külliye içine doluyordu. İşte Vakıflar Genel Müdürlüğü, bu sorunu çözecek önemli bir çalışmaya imza attı. Halen restorasyonu devam eden külliyenin onarımından önce yapıya drenaj ve pompa sistemi kurdu. Yaklaşık 1 milyon 800 bin lira harcama yapılan sistem sayesinde artık saniyede 600 litre su tahliye edilebiliyor. Külliyenin zeminine döşenen emici borularla suların güneybatı köşesinde bulunan kuyularda toplanması sağlandı. Bu suların pompalarla Tunca Nehri'ne tahliye edilmesiyle de süreç tamamlandı. Artık, yağmur suları külliyede belli bir seviyeye ulaştığında sistem otomatik olarak devreye giriyor ve biriken suları bu borular aracılığıyla boşaltıyor. II. Beyazıt'ın hükümdarlığı sırasında, 1488 yılında inşa edilen külliye, cami, imaret, hastane, medrese, hamam, mutfak ve ambarlardan oluşuyor.