Her eser topluluğunun ayrı bir deposu bulunuyor. 10 bini aşkın silah, yangın söndürme sistemi olmayan, duvarları nemlenmiş Mutfak Koğuşu'nda saklanıyor. Bu eserler, Milli Eğitim Bakanlığı'ndan geri alınan Matbaa-i Amire binası ile Matbaa Anadolu Meslek Lisesi'ne taşınacak. 'Avadancılar' adına kayıtlı 2.273 eserin deposu ise sıkışıklığı ile dikkat çekiyor. Buradaki Mekke ve Medine'ye gönderilen örtüler, bohçalar, kutsal topraklara ait eserler de Matbaa-i Amire binasına taşınacak. Edinilen bilgilere göre, Kültür ve Turizm Bakanlığı, saraya ait olan ancak yıllar içinde kullanımı diğer bakanlıklara geçen binaları da geri almak için çalışma başlattı.

Bu doğrultuda Sağlık Bakanlığı'ndan Deri ve Zührevi Hastalıklar Hastanesi, Milli Eğitim Bakanlığı'ndan Matbaa-ı Amire ve Matbaa Anadolu Meslek Lisesi ve Ulaştırma Bakanlığı'ndan eski telgrafhanenin eklentileri alındı. Bakanlık, Milli Savunma Bakanlığı'ndan ise Milli Savunma Bakanlığı İç Tedarik Komutanlığı'nın depo olarak kullandığı tarihi tescilli dört yapıyı istiyor. Bu mekânların bir bölümü depo olarak kullanılacak. Böylece korunma şartları iyi olmayan eserler, yeni depolara kavuşacak. Müze yetkilileri, depolardaki eserlerin bakımı için sürekli bir 'bakım onarım kadrosuna' da ihtiyaç bulunduğunu vurguluyor. Yeni restoratörlerin temini ile eserlerin sürekli bakımının sağlanabileceğini ifade eden yetkililer, sadece yeni depolama sistemlerinin yeterli olmayacağını, bakım ve onarımın da önemli olduğuna dikkati çekiyor. Şu anda da bakım ve onarımın yapıldığını, ancak istenilen düzeyde olmadığını dile getiren yetkililer, yeni depoların hazırlanması kadar atölyelerin de güçlendirilmesinin önemine işaret ediyor.

Topkapı Sarayı Müzesi Başkanı Prof. Dr. İlber Ortaylı, sarayın kumaş, kuyumcu, Avrupa porselenleri, bakır ve gümüş eşya, 12 bine yakın Çin porseleni, 17 bine yakın elyazması ile arşiv ve vesikaları muhafaza eden 50 depoda 80 bine yakın esere ev sahipliği yaptığını söylüyor. Bilhassa çini eserler için depo şartlarının uygun olmadığını vurgulayan Prof. Dr. Ortaylı, "Devletten bir şey göremiyoruz. Çünkü Kültür ve Turizm Bakanlığı'nın bütçesi çok küçüktür. Topkapı da müstakil bir idareye sahip değildir. Sponsorlara başvuruyoruz, onlar da bizi çok oyaladılar. Hatta vereceği miktarı çekenler de oldu." diyor. Ortaylı, her dönem Topkapı Sarayı Müzesi'nin idari yapısının değiştirilmesini talep ettiklerini, ama bir değişiklik olmadığını ifade ediyor. Darphane-i Amire binasının Topkapı Sarayı Müzesi'ne devri için yıllardır uğraşıldığını hatırlatan Prof. Dr. İlber Ortaylı, şöyle konuşuyor: "Darphane-i Amire binası, 14 senedir onun bunun elinde kaldı, alamadık. Atölyelerimiz orada çalışacaktı. Yeni bölümler yapılıyor ve her yerde depo olmaz. Darphane'deki durumun 2010 yılında çözümleneceğini hiç zannetmiyorum. 4 yıl beni burada kanser ettiler, oradan adam atmak için. Sarayın asıl bölümü orası. Tarih Vakfı da gitsin başka yere. Zaten onlara gayet güzel bina vermişler."