Şehzade Mehmed, çocukluğunda Eski Saray'da kalmıştır (Beyazıt ilçesi sınırlarındaki Eski Saray bugün İstanbul Üniversite'si bünyesinde fakülte olarak kullanılır). Sanata düşkün zayıf bünyeli bir şehzadedir.[1] Babası Kanuni'nin eğitimine önem vererek özel eğitim almasını sağlamıştır. Kanuni'nin en sevdiği oğullarından birisidir. Genç şehzade, 1540 yılında ağabeyi Şehzade Mustafa'nın Manisa Sancağı'ndan alınarak Amasya Sancağı'na atanması sonrası Manisa Sancağına getirilmiştir. İki yıl orada kesintisiz görev yapmıştır. Şehzade Mehmed, iki yıl süreyle dönemin Veliaht şehzade konumunda idi. Ağabeyi Şehzade Mustafa'nın Manisa Sancağı'ndan alınıp Amasya Sancağı'na atanmasını Hürrem Sultan'ın etkisine bağlar.
Evliliği

Hürrem Sultan, her bir şehzadesi için bir evlilik yapılmasını sağlamıştır. Bu şehzadesi için de uygun bir cariye bulup evlendirmiştir. Mehmed'in eşi hakkında iki farklı görüş mevcuttur. İlk görüş Kanuni'nin kardeşi olan Şah Sultan'ın kızı Baharnaz Hatun ile ya da haremden bir cariye ile evlendiği düşünülmektedir. Ölümünden yaklaşık üç sene önce bir kızı olmuştur. Hümaşah Sultan(1540-1593).
Babasının tahttan feragat etmesi
Babası Kanuni, Şehzade Mehmed'in eğitimle o kadar ilgiliydi ki onu Manisa Sancağı'na atadıktan sonra tahttan feragat edip tahtı en sevdiği şehzadesine bırakmak istiyordu. Ancak şehzadenin ani ölümüyle sarsılan Kanuni şehzadeler güzidesi oğlu adına 1543-1548 yılları arasında Mimar Sinan'a İstanbul 'da Şehzadebaşı Camii'sini yaptırmıştır. Oğlunun ölümü ve Camii'nin tamamlanması ardından oğlunun mezarının bulunduğu yerin üst tarafına küçük bir taht koydurmuştur. Kırk gün kesintisiz olarak oğlunun mezarına gidip dualar okuduğu bile söylenir.
Çocukları

Şehzade Mehmed'in Hümaşah Sultan (d.1540, Manisa - ö.1593, İstanbul) adında bir kızı vardır.
Ölümü

Şehzade Mehmed'in ölümü hakkında farklı görüşler mevcuttur. Bir görüşe göre eceliyle ölmüştür. Bazı araştırmacılara göre çiçek hastalığından ölmüştür. Bir görüşe göre de eceliyle ölmüştür. Başka bir görüşe göre de Mahidevran Hatun'un Şehzade Mustafa'nın Veliaht sancağından alınmasından sonra Şehzade Mehmed'in Veliaht sancağına atanmasını kaldıramamış ve Barbaros Hayrettin Paşa'ya haber vererek genç şehzadenin haremine güzel ama hastalıklı bir cariye sokmasını emretmiştir. Hürrem Sultan ve Kanuni'den bir şekilde gizlenen bu emrin üzerine Barbaros Hayrettin Paşa, Şehzade Mehmed'in haremine güzel ve hastalıklı bir kız sokmuştur. Hastalıklı kızla birlikte olan Mehmed'in bu hastalığın bulaşması sonucu öldüğü söylenir. Şehzade Mehmed'in mezarı İstanbul'daki Şehzadebaşı Camii'sinde yer almaktadır. Türbenin en baş tarafında Şehzade Mehmed, orta tarafında kızı Hümaşah Sultan, en son tarafta ise küçük kardeşi Şehzade Cihangir yatmaktadır. Camii'nin dış tarafında da kız kardeşi Mihrimah Sultan'ın kocası olan Rüstem Paşa'nın mezarı yer almaktadır.